Структура управления МБОУ ДО «Каргасокский ДДТ» имеет общественно-государственный характер. Государственным собственником и распорядителем движимого и недвижимого имущества МБОУ ДО «Каргасокский ДДТ» является Муниципальное образование «Каргасокский район» Томской  области,  Управление  образования, опеки и попечительства. Общественный характер внешнего управления учреждением обеспечивает Управляющий совет МБОУ ДО «Каргасоксий ДДТ». Внутриучрежденческим коллегиальным органом управления, согласно Уставу является Педагогический совет.

   Структурных подразделений в образовательной организации не зарегистрировано.